상부위장관인 위를 주로 다루는 과로 위궤양, 식도질환에 대한 수술도 담당하고 있다. 위암의 일차적인 치료는 수술적인 절제이다. 보조적으로 병기에 따라 항암치료나 방사선치료를 하기도 한다. 치료의 성공률을 높이기 위해서는 조기에 암을 발견하는 것이 무엇보다 중요하므로 정기적인 검진이 필수적이다. 위 점막하층까지만 암이 침범한 조기 위암의 경우 복강경을 사용한 위절제술로 완치를 기대할 수도 있다. 복강경 수술은 배를 크게 열지 않고 몇 개의 관만 삽입하여 내시경을 통해 모니터로 보면서 관으로 넣은 특수 수술기구를 조작하며 수술하는 방법으로, 이는 기존의 개복술보다 통증이 적고 흉터가 작으며 회복이 빨라 모든 외과분야에서 사용하고 있으며 계속 발전하고 있는 단계이다. 현재 위암클리닉을 열고 있는 목영재 교수는 암의 림프절 절제술로 유명하며, 대한위암학회 총무위원장으로 있으면서 2011년 국제위암학회 한국유치에 앞장서 국내위암학계를 전세계에 알리는데 힘쓰고 있다.

간, 담도, 췌장 및 비장 질환을 주로 수술로 치료하는 분야이다. 담낭 결석 및 용종, 비장의 양성질환, 담관 낭종, 담도 결석, 간경화, 간암, 담낭암, 담도암 등을 주로 다룬다. 고려대 구로병원에서는 1990년대 초부터 복강경 담낭절제술을 시작하여 현재 대부분의 담낭 결석과 양성 담낭용종수술을 복강경으로 시행하고 있다. 최근에는 급성 담낭염이나 담낭 축농증과 같이 과거 복강경이 금기시 되었던 염증질환의 경우에도 안전하게 복강경 담낭 수술이 가능하다. 대장암과 직장암, 항문암과 같은 하부위장관의 악성종양과 치핵(치질), 치루와 같은 양성 질환을 치료하며 궤양성 대장염, 크론씨병, 장결핵 등의 염증성장질환과 급성충수염, 골반농양 등의 염증 질환을 치료한다. 악성종양의 경우 진단이 늦고 여러 치료에 잘 반응하지 않는 것이 특징으로 치료 중 인접한 주요조직의 손상위험 또한 높아 까다로우나, 고려대 구로병원 외과에서는 여러 유기과와의 협진으로 이러한 종양을 적극적으로 치료하고 있고 그 결과 또한 좋다. 대한대장항문학회장을 역임한 문홍영 교수와 이선일 교수는 복강경수술을 통한 최소침습술로 항문보존식 직장암 수술을 시행하고 있고, 많은 연구와 논문을 발표하면서 최신 치료기법을 사용하여 복강경술을 서혜부탈장이나 요막관 낭종 등 여러 복벽질환에까지 광범위하게 시행하고 있다.

유방암은 우리나라 여성에서 가장 흔한 암으로 조기에  발견하면 유방보존 수술이 가능하고 예후도 좋기 때문에 조기진단이 상당히 중요하다. 유방에 멍울이 있는 여성에서는 주사침을 이용한 세포검사가 추가되고 폐경 전 여성에서는 유방초음파를 함께 실시한다. 최근에는 초음파 유도 조직검사 또는 맘모톰(Mammotome)이 시행되는데 유방에 흉터를 남기지 않고, 통증 없이 간단하게 암 여부를 진단할 수 있어 많이 이용된다. 유방암 수술 후에는 암세포의 전이여부 등을 찾고,근절을 위해 추가로 국소방사선치료, 전신 항암치료 및 호르몬치료 등의 계획을 세운다. 최근 2008년부터 대한외과학회 회장으로 활동할 차기회장직에 선출된 구범환 교수는 유방암 분야의 권위자로 경험이 매우 풍부하며 수술성공률도 높아 많은 환자들이 찾고 있다. 유방내분비외과에서는 각종 내분비 기관의 질환에 대한 진단, 치료 및 수술도 담당한다. 각종 갑상선 결절, 갑상선 암, 갑상선 중독증을 비롯한 갑상선 질환 수술은 최상위급의 치료성적을 자랑한다. 특히 이재복 교수는 국내 부갑상선 수술의 대가로 부갑상선종양 절제 시 수술 중 rapid PTH검사를 통해 이상이 있는 부갑상선을 정확히 찾아내어 수술 성공률을 월등히 높였다.

장기이식과 혈관질환을 담당하고 있다. 장기이식으로는 간이식, 신장이식, 췌장이식, 신췌장 동시이식 등이 있으며, 최근 간이식을 성공적으로 마친 최상용 교수는 미국에서 여러 차례 간이식을 집도했고 간이식이 생소하였던1990년대 국내에서도 뇌사자 간이식수술과 소아 생체 간이식을 집도할 만큼 이식분야 전문가이다. 이러한 장기이식을 위해 이식혈관외과에서는 이식에 대한 상담 및 장기이식대기자 등록을 시행하고 있고, 사회복지사를 통한 의료후원금 상담을 진행하여 환자들의 경제적 부담을 줄이려고 노력하고 있다. 혈관질환으로는 대동맥류, 동맥경화성 폐색증, 정맥혈전증 등을 다루는데 크기가 큰 복부 대동맥류의 경우 수술을 하지 않을 경우 사망까지 이어질 수 있어 빠른 치료가 요구된다. 혈관 폐색증의 경우 심하면 사지를 절단하는 경우까지 생길 수 있어 혈관우회로 수술을 시행하거나, 풍선확장술, 금속 스텐트 삽입 등 중재적 시술을 시행하고 있다.