독감백신은 인플루엔자 바이러스 한 가지에 의한 질환만을 예방할 수 있을 뿐, 라이노바이러스, 코로나 바이러스등 200여 가지에 이르는 다양한 호흡기 바이러스에 의한 복합질환인 감기는 예방할 수 없습니다.
독감과 감기는 겨울철에 동시 유행할 뿐만 아니라 임상적인 증상만으로 명확히 구별하기는 어렵기 때문에 독감백신 접종 후에 걸린 독감유사증상이 인플루엔자 바이러스가 아닌 감기 바이러스에 의한 것일 가능성도 높다고 하겠습니다. 또한 독감백신의 예방효과는 피접종자의 나이, 면역능력 및 백신 바이러스주와 유행바이러스주의 일치 여부에 따라 매우 다양합니다. 일례로 건강한 성인 또는 소아에서는 면역능력이 정상적으로 반응하기 때문에 예방효과가 매우 높지만, 노인, 만성병 환자 및 면역억제제 복용환자에서는 예방효과가 낮게 됩니다. 
독감백신에 포함되어있는 인플루엔자 바이러스와 실제 유행되고 있는 인플루엔자 바이러스가 다를 때에도 독감백신의 예방효과는 떨어지게 됩니다. 다행이 국내에서는 최근 6년간 독감백신 바이러스주와 유행바이러스주가 잘 일치하여 별 문제가 없었습니다. 결론적으로 독감백신을 접종 받았다 하더라도 개인위생 및 과로를 피하는 규칙적 생활과 같은 일반적인 예방 수칙을 지키는 것이 여전히 중요합니다.